结肠炎病变位于大肠，呈连续性非节段分布。多数在直肠、乙状结肠，可扩展至降结肠、横结肠;少数可累及全结肠，但在国内较少见。偶见涉及回肠末段，有人称为“倒灌性回肠炎”。

病变早期可有粘膜弥漫性炎症，可见水肿、充血与灶性出血。粘膜面呈弥漫性细颗粒状，组织变脆，触之易出血。粘膜及粘膜下层有淋巴细胞、浆细胞、嗜酸性及中性站细胞浸润。以后随肠腺隐窝底部聚集大量中性粒细胞，即形成小的隐窝脓肿。当隐窝脓肿融合、溃破，粘膜随即出现广泛的浅小不规则溃疡。这些溃疡可沿结肠纵轴发展，逐渐融合成不规则的大片溃疡。由于结肠病变一般限于粘膜及粘膜下层，很少深

达肌层，所以并发结肠穿孔、瘘管形成或粘膜周围脓肿者少见。少数暴发型或重症患者的病变涉及全结肠，可发生中毒性结肠扩张，肠壁重度充血，肠腔膨大，肠壁变薄，溃疡伤及肌层或浆膜层，常并发急性穿孔。

结肠炎在反复发作的慢性过程中，大量新生肉芽组织增生，常出现炎性息肉。粘膜因不断破坏和修复，其正常结构丧失，纤维组织增加，有腺体的变性、排列紊乱、数目减少等萎缩性改变。由于溃疡愈合而疤痕形成，粘膜肌层与肌层肥厚，使结肠变形缩短、结肠袋消失，甚至有时肠腔变窄。少数病人有结肠癌变，以未分化型多见，恶性程度高，预后较差。