卵巢性闭经 由于卵巢本身功能低下所致，包括先天性性腺不发育、卵巢早衰、手术切除卵巢及化疗放疗后卵巢受损。 观察发现，这类患者儿童期的性行为和娱乐兴趣与正常女孩无明显差别。成人后，虽部分病人的性欲正常，但更多的人有中度到严重的性欲减退，这主要是心理社会因素的反映，而非单纯生物学因素影响。躯体发育异常和女性特征的缺乏，可能会影响对异性的吸引，亦会产生心理上的自卑。生殖道发育不成熟，阴道浅小会带来性交困难或疼痛。对先天性性腺不发育的女孩青春期开始用雌激素替代治疗能促进乳房和生殖器的发育，周期性用药可来月经。这不但使患者心理状态有所改善，对性活动质量和性感受亦有明显的促进作用，提高了作为女性的自信。虽不能生育，但若能正确面对现实，并得到丈夫理解，同样可有美满婚姻及和谐的性生活。 卵巢早衰指妇女在40岁以前月经停止来潮，且垂体促性腺激素达绝经水平，故又叫早绝经。发病机理尚不清楚，可能与自家免疫反应过强，促性腺激素分子结构异常或卵巢对促性腺激素不敏感有关，亦可能由于遗传因素使卵母细胞贮备减少或卵泡闭锁加速而导致早绝经。与绝经后妇女一样，卵巢和生殖道萎缩，血中雌二醇水平低落。如全身健康状况良好，卵巢早衰患者不一定会有性欲减退及性高潮能力的丧失。但由于生殖器萎缩，阴道分泌物减少，会发生性交不适或疼痛。补充女性激素可增加阴道腺体分泌，改善性交时的润滑作用。虽曾有卵巢早衰患者偶尔排卵的零散报道，绝大多数患者因已无卵子而不能再自然受孕。

垂体及下丘脑性闭经 除卵巢自身问题会引发性腺功能低下外，垂体或下丘脑功能障碍亦可导致卵巢功能低下而发生闭经。造成垂体功能障碍的病因很多，如先天性下丘脑垂体功能不全、垂体肿瘤。手术或放疗破坏了垂体组织、临近器官的肿瘤如颅咽管瘤等对垂体的机械性压迫、产后大出血所致的垂体组织缺血性坏死(席汉氏综合症)，以及感染或非感染性肉芽肿浸润，均可导致垂体促性腺激素分泌和调节障碍，进而发生性腺功能低下。垂体性闭经患者血中雌激素水平和垂体促性腺激素水平均明显低落。 垂体功能低下还可能由于下丘脑功能异常或其他内分泌疾病引起的不适当的反馈调节所致。表现为下丘脑促性腺激素释放激素分泌不足或其脉冲分泌形式受干扰，导致无排卵而闭经。如先天性下丘脑发育异常、颅咽管瘤、脑炎后遗症等。精神刺激、环境变化、神经性厌食等原因所发生的闭经均与下丘脑分泌调节障碍有关。肥胖、多囊性卵巢综合症、高催乳素血症以及甲状腺。肾上腺疾病等可通过不同的途径和方式干扰下丘脑功能，打乱其规律性地脉冲式分泌及其反馈调节而导致闭经。 对性激素水平低落者同样可以用雌激素和雌孕激素替代治疗，不仅可建立如同月经一样的周期性出血，防止生殖器官萎缩，对提高性欲、改善性交时阴道的润滑作用均有好处。除此之外，对有精神心理障碍者应辅以耐心的心理治疗。神经性厌食者应动员补充营养，增加体重以促进月经潮。希望生育者应积极诱导排卵。轻症患者雌激素水平无明显低下的应用克罗米酚治疗，可获排卵或妊娠，甚至可自然恢复。